Introduction à l'ontologie II
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Résumé
L'ontologie II (Illness and Injury) est l'ontologie utilisée par le Canadian Writing Research Collaboratory pour attribuer des noms de maladies et de blessures aux triples de causes de décès et de problèmes de santé.
1. Introduction
Cette liste de classifications des maladies et traumatismes (morbidité et mortalité) est une version abrégée de la liste de mortalité de démarrage de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) (CIM-10-SMoL). La CIM-10-SMoL est l'application par l'OMS de la CIM-10 pour la collecte des causes initiales de décès dans les pays à faibles ressources. Elle a été développée pour ajouter une structure aux désignations des causes de décès et des problèmes de santé dans les informations biographiques.
2. Contexte des données source d'Orlando
La CIM-10-SMoL a été choisie parce qu'il s'agit d'une version simplifiée de la CIM-10. La CIM (Classification internationale des maladies) "est le fondement de l'identification des tendances et des statistiques en matière de santé à l'échelle mondiale, et la norme internationale pour la déclaration des maladies et des états de santé. C'est la norme de classification diagnostique pour tous les objectifs cliniques et de recherche. La CIM définit l'univers des maladies, des troubles, des blessures et des autres états de santé connexes"[[http://www.who.int/classifications/icd/en/]].
La version 1.0 de cette ontologie a été compilée pour le projet d'ontologie du CSÉC et reflète la nécessité d'organiser les causes de décès et les problèmes de santé de manière à permettre l'analyse des données culturelles. Une liste simplifiée a été jugée suffisante puisque le domaine étudié (documents culturels) ne contient pas d'informations médicales détaillées sur les causes de décès ou les problèmes de santé. Mais au lieu d'accepter une liste de termes d'usage général pour les causes de décès ou les problèmes de santé qui apparaissent dans certaines sources (par exemple Wikipedia, Wikidata, etc.), une classification médicale standardisée a été sélectionnée afin qu'elle puisse être utilisée pour des analyses futures concernant des questions impliquant l'intersection de la santé et de la culture.
ILa CIM-10-SMoL a été choisie car il s'agit de la dernière version de cette liste (juin 2018). Une version stable de la CIM-11 devait être disponible en juin 2018, mais aucune CIM-11-SMoL n'était disponible à ce moment-là. Pour obtenir la CIM-10-SMoL: http://www.who.int/healthinfo/civil_registration/ICD_10_SMoL.pdf?ua=1
3. À propos de ce document
Ce document est une version de l'ontologie lisible par l'utilisateur qui ne peut pas documenter toutes ses structures de données. L'ontologie elle-même devrait servir de source principale à la compréhension de son fonctionnement.
Ce document est destiné au public académique qui souhaite comprendre la façon dont l'ontologie traite les problèmes concrets relatifs à l’enregistrement de données et aux professionnels des webs de données qui souhaitent utiliser l'ontologie.
4. Statut de l'ontologie dynamique
Ce document et l'ontologie associée sont développés de façon itérative et des modifications y seront apportées au fil du temps à mesure que les données sont progressivement traduites et que de nouveaux problèmes ontologiques sont identifiés. L'utilisation des annotations d'ontologies OWL pour la compatibilité ontologique ainsi que les classes et propriétés obsolètes assure sa continuité. Les termes supprimés de l'ontologie restent présents mais sont signalés comme tels.
L'ontologie est comprise comme un document évolutif qui ne prétend pas à l’exhaustivité. En particulier, les instances sont dérivées de jeux de données spécifiques et seront développées progressivement. Nous acceptons les suggestions de nouvelles classes, de propriétés et de prédicats de la part des personnes souhaitant utiliser l'ontologie pour leurs propres jeux de données, ainsi que des suggestions sur les termes de vocabulaires complexes déjà existants.
Les suggestions de nouvelles classes, propriétés et prédicats de la part de ceux qui souhaitent utiliser l'ontologie pour leurs propres ensembles de données sont les bienvenues, de même que les suggestions relatives à la complexité du vocabulaire associé aux termes existants. Veuillez soumettre vos suggestions par le biais d'un problème ou d'une demande d'extension à l'adresse suivante Dépôt de code de l'ontologie CSÉC.
5. Sources de données
6. Objectifs ontologiques fondamentaux
a. Liens vers d'autres ontologies
Nous employons plusieurs stratégies afin de nous relier à d'autres ontologies. Notre architecture n’importe pas intégralement d'ontologies tierces, mais renvoie à d'autres vocabulaires larges de façon précise.
Dans la mesure du possible, nous adoptons des espaces de noms externes et les classes et termes associés lorsqu'ils sont largement utilisés et que leurs vocabulaires sont largement compatibles avec le nôtre, comme dans le cas de la norme FOAF vocabulaire. Si un terme de l'ontologie externe s'aligne sémantiquement sur le nôtre, nous utilisons des relations basées sur OWL ou SKOS telles que <owl>:equivalentClass>, <skos:narrower> ou <skos:broader>. Si la définition ou l'utilisation d'un terme externe ne correspond pas à un terme de l'ontologie du CCRH, mais que son application dans des ensembles de données externes est telle qu'il sera néanmoins utile de lier ces termes aux nôtres, la relation <skos:equivalentClass> est utilisée. has functional relation est employé pour indiquer que la relation est spécifiée sémantiquement mais qu'elle peut être exploitée pour le traitement.
Au niveau supérieur, l'ontologie II utilise les ontologies connues suivantes:
- L'ontologie FOAF pour la représentation des personnes et des organisations.
- Le modèle de données Web Open Annotation est utilisé pour relier le texte original d'Orlando à des contextes spécifiques.
- Le vocabulaire SKOS est utilisé pour représenter les relations taxonomiques et pour documenter entièrement les termes de l'ontologie.
- Certains termes du vocabulaire Dublin Core sont utilisés pour des balises de documentation bien connues.
- L'ontologie de la CSÉC fournit des relations propres à la CSÉC.
b. Provenance et Contextes
Le modèle de données Web Open Annotation est utilisé pour relier le texte original d'Orlando à des Contexts spécifiques pour la cause du décès et les problèmes de santé. Plus de documentation à venir sur la façon dont l'OA a été utilisé dans cette ontologie et dans d'autres ontologies du CSÉC.
7. Règles de conception de l'ontologie de l’ontologie du CSÉC
Au-delà du formalisme du **The OWL 2 Web Ontology Language**l'ontologie du CSÉC suit les principes de design et les styles suivants:
- A ajouter...
8. Notes sur les langages SKOS et OWL
Le SKOS (Simple Knowledge Organization System) jouit d'une grande popularité au sein de la communauté du web sémantique, car il fournit des termes simples pour les taxonomies sans exiger la présence d’un agent raisonneur. Chaque fois que cela s'avère approprié, les termes SKOS sont insérés dans cette ontologie pour relier les termes entre eux. Cependant, étant donné que ces termes ne sont pas ontologiquement renseignés, leur capacité d’évolution est limitée car chaque couche de termes supplémentaire dans une taxonomie nécessite une autre requête auprès de la base de données.
9. Conclusion et travail futur
Ce brouillon d’ontologie est un travail en cours. Il continuera d’être développé, étendu et révisé à mesure que nous découvrons ce qu’implique la structure de l’ontologie à travers l’extraction et l'exploration de nos données, puisque de nouvelles informations et divers cas d’utilisation nécessitent un travail d’élargissement ou de précision, et que nous identifions de nouveaux besoins, de nouvelles interprétations et de nouveaux débats.
10. Historique des versions
- 1.0 - Première version publique. La plupart des termes de la CIM-10 et du SMoL qui ont été jugés appropriés apparaissent dans cette version, mais des changements à ces termes (ajouts, suppressions, modifications) peuvent survenir à l'avenir. Une nouvelle classe (Santé de la femme) apparaît mais n'est pas encore peuplée d'instances. Elle a été ajoutée en prévision de la nécessité de documenter les problèmes de santé plutôt que la cause du décès.